Początki działalności Anima Damnata sięgają końca roku 1996, kiedy to w czteroosobowym składzie powstały pierwsze utwory zupełnie odmienne stylowo od prezentowanych obecnie. Niespełna dwa lata później zostaje zarejestrowane pierwsze demo, które nigdy nie ujrzało światła dziennego. Po tym wydarzeniu z zespołu zostają usunięci gitarzysta i basista, gdyż nie potrafili dopasować się do nowego oblicza ANIMA DAMNATA. Przez długi czas tylko dwie osoby utrzymywały zespół przy życiu, w tym też czasie powstała większość zupełnie nowych utworów.

Na początku roku 2000 dołączył do A.D. Glaca, wokalista znany min. z nieistniejącego już Necrophil'a, kilka miesięcy później brakujący etat gitarzysty uzupełnił Necrosodomic Corpse Molestator, współzałożyciel hordy Devotee. Wreszcie zespół mógł zaprezentować się na koncertach, niestety wciąż bez basisty, ale mimo to występował u boku Hypnos, Devilyn, Damnable a nawet Disgorge(Mex.). Niestety doszło do wewnętrznych sporów, w wyniku których A.D. musiał opuścić Glaca, jego obowiązki przejął Necrosodomic Corpse Molestator. 

W maju 2001 do trzyosobowego składu dołącza basista Lupus- Nocturnal Harvester of Christian Lambs and a Great Messenger of Subliminal Satanic Messages udzielający się również w Fortition, trzy miesiące później A.D. prezentuje się na koncercie z Behemoth i Napalm Death, co pociąga za sobą nagły wzrost zaineteresowania twórczością Anima Damnata. 

Na początku października 2001 zostaje zarejestrowana pierwsze oficjalne wydawnictwo "Suicidal Allegiance Upon the Sacrificial Altar of Sublime Evil and Eternal Sin". Materiał ten, w rok później zostaje oficjalnie wydany przez Pagan Records jako split z THRONEUM pod tytułem "Gods of Abhorrence". ANIMA DAMNATA gra kolejne koncerty, występując u boku WITCHMASTER, AZARATH i THRONEUM... 
Jesienia 2003 w Białostockim studio "Hertz"zostaje zarejestrowany materiał na pierwszy duży album ANIMA DAMNATA, zatytułowany "Agonizing Journey Through The Burning Universe and Transcendental Ritual of Transfiguration".